Mikado软件的工作原理
Mikado是一款用于挑选最佳转录本进行基因组结构注释的Python3工具。它主要从多个转录组组装工具得到的转录本中挑选出质量最好的结果，作为基因组的结构注释。Mikado的工作流程主要包括以下几个步骤：
- 输入准备：Mikado需要GTF或GFF文件作为输入，这些文件通常由多个转录组组装工具（如Hisat、Stringtie等）生成。
- 转录本打分：Mikado会基于多个指标（如ORF和cDNA大小、ORF在转录本中的相对位置、UTR长度和多个ORF的存在等）对每个转录本进行打分，这些指标反映了转录本的质量和完整性。
- 利用同源蛋白比对结果：Mikado还可以利用同源蛋白比对结果来进一步打分和评估转录本的质量。
- 挑选最佳转录本：Mikado会选择得分最高的转录本作为基因的代表性转录本，同时也可以选择其他有效的剪接变体。
- 输出结果：最后，Mikado将挑选出的最佳转录本输出为GFF3格式，供后续分析使用。
评估Mikado软件的注释准确性
Mikado的注释准确性可以通过以下几个方面进行评估：
- 与已知基因的比较：将Mikado注释的基因模型与已知的基因序列进行比对，检查基因结构的一致性。
- 利用同源蛋白比对：通过与已知的同源蛋白序列比对，检查Mikado注释的ORF是否正确。
- 使用BLASTX：通过与已知的蛋白质数据库比对，检查Mikado注释的转录本是否存在错误。
- 使用Portcullis：通过Portcullis获取的可靠剪接位点数据，可以进一步验证Mikado的注释结果。
Mikado软件与其他转录组注释工具相比的优势
- 灵活性：Mikado可以处理多种输入数据（如转录组组装结果、同源蛋白比对结果等），提供了较高的灵活性。
- 全面性：Mikado通过多种指标对转录本进行全面评估，可以更准确地挑选出高质量的转录本。
- 兼容性：Mikado可以处理由不同组装工具生成的转录本，提供了良好的兼容性。
- 实用性：Mikado的输出结果可以直接用于后续的基因功能注释和比较基因组学分析，具有较高的实用性。
需要注意的是，虽然Mikado具有上述优势，但在实际应用
