根据检索到的材料，提出温病和时疫的防治原则及方法，并形成了中医药防治瘟疫（传染病）的理论和实践体系的主要是明末医学家吴有性的《瘟疫论》。
在材料
中提到，吴有性亲身经历了崇祯十四年波及南北直隶、山东、浙江的大疫，并著《瘟疫论》。这是中国第一部系统阐释瘟疫的专书。该书在清代广为流布，使得“吴门医学”也在防治瘟疫方面脱颖而出。书中提出的温病和时疫的防治原则及方法，对后世中医防治瘟疫具有重要影响。
此外，材料
中提到，吴有性的《瘟疫论》在清代广为流布，并且推动了民间医学与宫廷医学的交融。在瘟疫防治书籍编纂上，吴有性的《瘟疫论》起到了显著的作用。
因此，可以确定《瘟疫论》是清朝提出了温病和时疫的防治原则及方法，形成了中医药防治瘟疫（传染病）的理论
