水墨动画在制作上存在以下难点：1. 制作过程极为繁琐 ：水墨动画的奥秘集中在摄影部门。动画片中的人物或动物在着色部分必须分层上色，例如一头水牛可能会分出四五种颜色。每一种颜色都需要涂在透明的赛璐珞片上，然后由动画摄影师分开重复拍摄，最后重合在一起用摄影方法处理成水墨渲染的效果。2. 拍摄技术复杂 ：为了模拟中国传统水墨画的质感，动画制作人员必须精细地掌握水墨渲染的技巧。这种技巧需要大量的实践和经验积累，对动画制作人员的技术要求非常高。3. 制作成本高 ：由于水墨动画的制作过程非常繁琐，需要大量的人力和时间投入，制作成本相对较高。一部水墨动画片所需的时间和人力是惊人的，制作成本也相应地增加。4. 不适合商业化和资本变现需求 ：水墨动画的节奏慢，表现形式也不够丰富，不适合用于商业化的动画制作。这使得水墨动画在市场上难以得到广泛的认可和推广。5. 缺少传统绘画技巧的传承 ：随着电脑技术在动画制作中的应用，传统的手工制作水墨动画的经验和技术面临着传承的问题。曾经参与手工制作水墨动画的人多已年逾耄耋，没有过正式的传承，使得水墨动画的制作技巧面临断层的危险。6. 动画人才培养的缺失 ：动画是一个劳动密集型产业，需要大量的绘画人才。然而，由于动画行业留不住人才，很多绘画人才都流向了收入更高的游戏行业，这使得水墨动画的人才储备变得非常有限。7. 故事和动画效果的平衡 ：水墨动画在追求动画效果的同时，也需要兼顾故事的讲述。如何将传统的水墨画技法与现代动画故事相结合，是水墨动画面临的另一个难题。
